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基于粘贴和2-臂DNA模型的层次聚类算法
白雪 任晓玲 刘希玉
计算机应用
2013, 33 (02):
308-315.
DOI: 10.3724/SP.J.1087.2013.00308
为了充分利用DNA分子在生物计算中的高度并行性和强大的存储能力，将DNA计算引入层次聚类实现对数据集的全局搜索。提出了粘贴模型与2-臂DNA分子相结合的混合模型求解最近邻层次聚类的DNA算法。针对二维数据空间，算法首先基于最小生成树思想产生图的边的所有组合链;其次筛选含n-1条边的链，基于边附着顶点，并选择包含全部顶点的复合链;再将复合链末尾连接相应边的权值片段，电泳出最短链;最后通过荧光分析法读解，得到最终的聚类结果。与已有文献同类算法对比表明，该算法在保持多项式操作时间下，更充分考虑连接边的长度，并将读解步骤数限定为常数步。
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